在霍雨浩消失5000年后，人類因為貪婪而大肆屠殺魂獸，導致人類與魂獸之間的大戰爆發，在大戰前夕，一片新的陸地出現，導致整個斗羅大陸發生地震，三大帝國各自派出探查小隊前去探查那片陸地的情況。沒想到那片陸地上沒有一絲人類生命的蹤跡，但在中央有一棵參天大樹，樹下放著九個盒子，上面標著一到九，突然一個人，跑了出去，并用魂力接觸大樹，于是變革開始了。